Józef Mukasa Balikuddembe urodził się w regionie Mawokota , graniczącym z Jeziorem Wiktorii w królestwie Bagandy. Jego ojciec Kajwayo był członkiem klanu Kayozi (Olbrzymi szczur). Jego matka była kuzynką Mazinga, jedną z ośmiu żon Kajwayo. Należała do plemienia Nyoro. Mukasa był wychowywany przez Mazinga, ale w wieku sześciu lat został wysłany do posługi u człowieka zwanego Kabadzi. Był zdrowy, inteligentny, wysoki i zręczny. Około 1874 roku, gdy miał czternaście lat, został przedstawiony królowi Mutesie I, a ten uczynił go jednym z swych licznych paziów. W tym czasie dwór królewski był usytuowany w Kasubi, które teraz jest dzielnica stolicy kraju Kapali i mauzoleum królewskich grobowców. Tutaj Mukasa spędził ostatnie jedenaście lata swego krótkiego życia.
Mukasa świetnie wypełniał spoczywające na nim obowiązki. Był też popularny wśród innych paziów. Wkrótce został paziem w prywatnych apartamentach króla. Kiedy Misjonarze Afryki- Ojcowie Biali przybyli do Ugandy w 1879r., Mukasa rozpoczął katechumenat. W drodze wyjątku od zasady czteroletniego katechumenatu, został ochrzczony przez o. Simeona Lourdel’a 30 kwietnia 1882, razem z Andrzejem Kaggwa, innym przyszłym męczennikiem. Na chrzcie otrzymał imię Józef.
W okresie między listopadem 1882 a lipcem 1885 roku katoliccy misjonarze byli zmuszeni do opuszczenia misji w Ugandzie i tymczasowo przenieśli się na południowe skrzydło Jeziora Wiktorii. W czasie ich nieobecności, Józef Mukasa szybko stał się liderem i nauczycielem dla katolickich paziów króla. Troszczył się o ich zdrowie, duchowość i morale. Stał się także zaufanym, ulubionym i osobistym sługą króla Mutesy, aż do śmierci władcy w 1884r.
Kiedy Mwanga został królem, Józef Mukasa ponownie został powołany do królewskiej służby oraz pozostał osobistym sługą królewskim. Został także mianowany na zarządcę dworu królewskiego oraz otrzymał od króla pozwolenie na upominanie go, w przypadku, gdy Mukasa osądziłby, że król nie nieodpowiednio zarządza państwem. W ten sposób uratował od śmierci Sarę Nalwanga, ochrzczoną w kościele anglikańskim, a skazaną na śmierć. Ponadto Mukasa przyczynił się do udaremnienia spisku przeciwko życiu króla Mwanga na początku 1885r.. Jednocześnie, chroniąc paziów przed homoseksualnym praktykami władcy i organizując na dworze nauczanie katechizmu, popadał w niełaskę.
W listopadzie 1885r. Mwanga, wykorzystując efekty uboczne pewnych, przepisanych przez o. Lourdela leków, oskarżył katolików o spisek na jego życie. Wezwał do siebie Józefa Mukasą i przeprowadził z nim długą rozmowę. Wylał na niego całą swą niechęć do jego osoby. Następnego ranka Józef asystował w Eucharystii i przyjął Komunię świętą od o. Lourdela. Wezwany ponownie przez króla, został skazany na śmierć. Król nie taił, że skazuje go z powodu wyznawanej przez niego wiary. Józef został zaciągnięty na miejsce między wzgórzami Mengo i Nakasero, niedaleko rzeki Nakivubo. Tam przebaczył królowi i innym swoim wrogom. Został zasztyletowany, a jego ciało spalono na stosie.
Józef Mukasa Balikuddembe, został ogłoszony błogosławionym przez papieża Benedykta XV w roku 1920r. a razem z nim dwudziestu jeden innych męczenników. Zostali oni kanonizowani przez papieża Pawła VI w 1964.